Synopsis : Kyrie Florian, sa sœur aînée Amitie et ses parents, scientifiques à la recherche de solutions pour la sauver, vivent sur la planète mourante d'Eltria. Malheureusement, les Florian doivent quitter la planète pour soigner leur père, qui a contracté une maladie mortelle.
Même avec un traitement, le taux de survie du père de Kyrie est minuscule. Refusant d'abandonner son père et Eltria, Kyrie va à l'encontre des souhaits de sa sœur et s'enfuit de chez elle pour se rendre sur la paisible planète Terre à la recherche d'une solution. Là-bas, Kyrie et son amie d'enfance, Iris, poursuivent les protecteurs magiques de la Terre : Nanoha Takamachi, Fate Testarossa et Hayate Yagami.
Nanoha et ses compagnons possèdent la clé qui permettra à Kyrie d'atteindre son objectif, et la jeune fille doit faire tout ce qui est en son pouvoir pour l'obtenir. Cependant, la tâche s'avère difficile pour Kyrie, car les protecteurs ne cèdent pas facilement à ses provocations. De plus, Amitie arrive bientôt sur Terre pour mettre fin aux agissements inconsidérés de sa jeune sœur et la ramener chez elle, ce qui complique encore la situation déjà délicate.